通過20年的不斷積累，西藏藏醫(yī)學(xué)院依托傳統(tǒng)藏醫(yī)藥學(xué)理論體系，集中優(yōu)勢力量，不斷調(diào)整專業(yè)結(jié)構(gòu)，逐步形成了藏醫(yī)和藏藥兩大特色本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。學(xué)院還圍繞這兩大特色專業(yè)，從學(xué)科方向、實(shí)驗(yàn)室建設(shè)和學(xué)術(shù)梯隊(duì)建設(shè)方面不斷完善，構(gòu)建了符合現(xiàn)代藏醫(yī)藥高等教育發(fā)展的學(xué)科建設(shè)體系。

    結(jié)合現(xiàn)代西藏藏醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展，西藏藏醫(yī)學(xué)院積極在學(xué)科方向的建設(shè)與調(diào)整上下功夫，積極與新生的營銷、護(hù)理等學(xué)科融合滲透，尋找新的學(xué)科生長點(diǎn)，形成了以藏醫(yī)、天文星算（大專）、藏醫(yī)護(hù)理（大專）為方向的藏醫(yī)系和以藏藥、藏藥營銷為方向的藏藥系。學(xué)科專業(yè)設(shè)置既充分體現(xiàn)區(qū)域特色和自身優(yōu)勢，又緊跟時(shí)代步伐，為古老的藏醫(yī)藥教育注入了新的活力。學(xué)院藏醫(yī)學(xué)專業(yè)現(xiàn)已成為國家特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，藏藥學(xué)專業(yè)成為西藏自治區(qū)特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。同時(shí)學(xué)院還有1個(gè)藏醫(yī)學(xué)碩士授權(quán)點(diǎn)和1個(gè)藏藥學(xué)國家級重點(diǎn)學(xué)科，其中藏醫(yī)學(xué)碩士授權(quán)點(diǎn)與北京中醫(yī)藥大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)藏醫(yī)學(xué)博士。

    學(xué)院注重發(fā)揮藏醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室、教學(xué)基地在學(xué)科建設(shè)中的服務(wù)作用，初步形成了具有藏醫(yī)藥學(xué)科專業(yè)特色的各類實(shí)驗(yàn)室。目前，學(xué)院擁有藏醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)室、藏藥學(xué)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)室、藏醫(yī)藥重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、藏醫(yī)藥與高原生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室4個(gè)省部級以上科研平臺；擁有藏藥新藥實(shí)驗(yàn)室、藏醫(yī)臨床實(shí)驗(yàn)室、藏藥種植實(shí)驗(yàn)室、傳統(tǒng)藏藥炮制工藝實(shí)驗(yàn)室4個(gè)中央與地方共建高校特色優(yōu)勢學(xué)科實(shí)驗(yàn)室建設(shè)項(xiàng)目。學(xué)院還擁有1所專家門診、1個(gè)藏藥廠、2個(gè)采藥認(rèn)藥基地、5個(gè)教學(xué)醫(yī)院、1個(gè)非直屬附屬醫(yī)院、1個(gè)非直屬教學(xué)藥廠等重要教學(xué)實(shí)習(xí)基地。這些實(shí)驗(yàn)室的建成和實(shí)習(xí)基地的完善從根本上滿足了藏醫(yī)藥現(xiàn)代化的教育，為加快學(xué)院學(xué)科專業(yè)建設(shè)步伐奠定了硬件基礎(chǔ)。

    學(xué)科隊(duì)伍建設(shè)是學(xué)科建設(shè)的關(guān)鍵。在多年的辦學(xué)實(shí)踐中，學(xué)院下大力氣建設(shè)合理的學(xué)科梯隊(duì)。目前，已擁有一支以國內(nèi)外著名藏醫(yī)藥專家、學(xué)者為主體的學(xué)科隊(duì)伍。其中，博士生導(dǎo)師3人、碩士生導(dǎo)師26人，全國藏醫(yī)藥醫(yī)師資格考試命題首席專家1人，國家和西藏自治區(qū)藥品評審專家2人，國家非物質(zhì)文化保護(hù)遺產(chǎn)傳承人5人，為有效開展學(xué)科建設(shè)打下了雄厚的人才力量儲備。

    學(xué)院還積極從課程建設(shè)和教材建設(shè)入手，進(jìn)行教學(xué)改革，強(qiáng)化學(xué)科建設(shè)。學(xué)院現(xiàn)有藏醫(yī)人體學(xué)、藏醫(yī)內(nèi)科學(xué)、藏醫(yī)外治學(xué)、藏醫(yī)外傷學(xué)、藏藥植物學(xué)、藏醫(yī)藥理學(xué)、天文星算學(xué)7門自治區(qū)級精品課程，還有藏醫(yī)三大基因?qū)W、藏醫(yī)保健學(xué)、藏醫(yī)臨床技能等10門學(xué)校級精品課程。學(xué)院積極組織力量編寫適合西藏教學(xué)特點(diǎn)的教材，所編寫的全國第一套共24本藏醫(yī)本科教材、全國第一部《藏醫(yī)專業(yè)本科教學(xué)大綱》，分別獲西藏自治區(qū)教學(xué)成果一等獎和國家教學(xué)成果二等獎；《四部醫(yī)典·大詳解》榮獲13屆中國圖書獎、西藏自治區(qū)科技進(jìn)步一等獎、國家科技進(jìn)步二等獎；《21世紀(jì)藏醫(yī)本科教育規(guī)劃教材》、《21世紀(jì)藏藥本科教育規(guī)劃教材》榮獲西藏自治區(qū)優(yōu)秀教學(xué)成果一等獎。2008年，學(xué)院完成了國家中醫(yī)藥管理局“21世紀(jì)藏藥專業(yè)本科規(guī)劃教材”的編寫；2009年《21世紀(jì)藏醫(yī)本科教育規(guī)劃教材課程教學(xué)大綱》又榮獲西藏自治區(qū)教學(xué)成果二等獎。目前，《藏醫(yī)放血、火灸療法實(shí)踐教學(xué)光盤制作》、《植物藏藥材野外實(shí)踐教學(xué)指導(dǎo)用書編寫》、《民族醫(yī)學(xué)（藏醫(yī)）專業(yè)碩士研究生課程體系與教學(xué)模式研究》等首批10項(xiàng)教改課題被批準(zhǔn)立項(xiàng)。一大批課程設(shè)置和教材建設(shè)成果為有效實(shí)施藏醫(yī)藥人才培養(yǎng)發(fā)揮了積極的作用。